Bordée par la colonnade aux statues osiriaques, la cour centrale est le coeur du temple. Face à la porte, le sanctuaire proprement dit se repère sur l'image avec son porche gréco-romain avancé . Il est creusé dans la montagne et comporte plusieurs pièces en enfilade, dont la plus profonde fut creusé sous Ptolémée VII.. Au nord, à gauche sur l'image, se trouve une grande cour à ciel ouvert dédiée au culte solaire, disposition que l'on retrouvera par exemple dans le temple de Sethy 1er à Gournah. Cette cour solaire est flanquée de deux chapelles, l'une dédiée à Amon et l'autre à Anubis. Au sud, à droite sur l'image,  une chapelle consacrée au culte de Thoumosis 1er et une autre au culte d'Hatchepsout.
La cour centrale était bordée d'un portique à colonnade dont il reste quelques vestiges de colonnes. Sur les murs, à l'est, se déroule la Belle Fête de la Vallée. Le mur ouest est creusé de niches garnies de statues de la reine.